分析項目 | 類(lei)別 | 分析(xi) | 備注 |
原始(shi)數據(ju)整(zheng)理、過(guo)濾及質量(liang)評估 | A | √ | |
參考基因組注釋整理與(yu)統計 | A | √ | |
與參考基因組比對 | A | √ | |
Peak Calling | A | √ | |
Peak相(xiang)關(guan)基(ji)因GO注釋 | A | √ | |
Peak相關基因KEGG注釋 | A | √ | |
樣品間(jian)差異Peak分析 | A | √ | 樣品數 > 1 |
差異Peak相關(guan)基因(yin)GO富集分析 | A | √ | 樣(yang)品(pin)數 > 1 |
差異Peak相關基因KEGG通路(lu)富集分析 | A | √ | 樣品數(shu)＞1 |
Motif分析(xi) | A | √ |
Peak Calling
Peak 的(de)長(chang)度與(yu)蛋白質結合區(qu)(qu)(qu)域大小緊密相關(guan)，是非(fei)常(chang)重要的(de)信(xin)息。Peak 在外顯子(zi)、內含子(zi)、5’ UTR、3’ UTR、基因間區(qu)(qu)(qu)等區(qu)(qu)(qu)域上的(de)分(fen)布情(qing)況如下(xia)：
Peak在功能元(yuan)件上的分布
Peak相關(guan)基因GO注釋(shi)
將 GO 注釋(shi)結果(guo)對應到 GOTerm 上(shang)，并統計(ji)第二(er)級分類(lei)上(shang)注釋(shi)到目標基因的數目
GO注釋圖
差異Peak相(xiang)關基因KEGG富集分析
統計各個KEGG Pathway 不同層級上包含的差異表(biao)達基(ji)因數目，進而確(que)定差異表(biao)達基(ji)因主要(yao)參與(yu)的代謝途徑和信號(hao)通(tong)路(lu)。
KEGG富集分析
Motif分析(xi)
Motif是(shi)一(yi)些(xie)有特(te)征的(de)(de)(de)短(duan)序(xu)列(lie)，在(zai)基(ji)因組上常常反復出現(xian)，經常是(shi)一(yi)些(xie)具(ju)有序(xu)列(lie)特(te)異性(xing)的(de)(de)(de)蛋白的(de)(de)(de)結合位點（如(ru)轉(zhuan)錄(lu)因子(zi)），或者是(shi)涉及到一(yi)些(xie)重要的(de)(de)(de)生物過(guo)程（如(ru)轉(zhuan)錄(lu)起始，轉(zhuan)錄(lu)終止， RNA 剪切等(deng)(deng)等(deng)(deng)）。
motif示意圖
