簡述真核轉錄(lu)組常規建庫流程
1)通過磁珠和(he)mRNA的(de)polyA結(jie)構將mRNA分離出來;
2)mRNA片段化(hua);
3)mRNA反轉錄為雙鏈結構,第二鏈cDNA合成(cheng)時,其中(zhong)的(de)堿基T,被替(ti)換成(cheng)U,從而達到鏈特異性文庫的(de)目的(de);
4)5’末端(duan)修復、3’末端(duan)加A;
5)加(jia)接頭;
6)選擇特異長(chang)度回收,一(yi)般(ban)為300bp;
7)PCR;
8)上機測序(xu)。
如何對得到的數目較多的差異基因進行后期驗證?
首先根據(ju)(ju)GO或(huo)者KEGG富集結果,或(huo)者客戶(hu)關注的基因(yin),選取有(you)代表性的進行qRT-RCR驗證。然后根據(ju)(ju)RPKM值(zhi)(zhi),選擇RPKM值(zhi)(zhi)差(cha)異倍數答(da),同(tong)時p值(zhi)(zhi)小(xiao)的基因(yin)進行qRT-RCR驗證。