簡述真核(he)轉錄組常(chang)規建庫流程
1)通(tong)過(guo)磁珠和(he)mRNA的polyA結構將mRNA分(fen)離出來;
2)mRNA片段化;
3)mRNA反轉錄為雙鏈(lian)結構(gou),第二鏈(lian)cDNA合成(cheng)時,其中的(de)堿(jian)基T,被替換成(cheng)U,從(cong)而達到鏈(lian)特異性文庫的(de)目的(de);
4)5’末(mo)端修復(fu)、3’末(mo)端加A;
5)加接頭;
6)選擇特異長度回(hui)收,一般為300bp;
7)PCR;
8)上機測序。
如何對得到的數目較多的差異基因進行后期驗證?
首先根據GO或者KEGG富集結果,或者客戶關注(zhu)的(de)(de)基因,選取有代表性的(de)(de)進行qRT-RCR驗證。然后(hou)根據RPKM值,選擇RPKM值差異倍數答(da),同(tong)時p值小的(de)(de)基因進行qRT-RCR驗證。