1. PacBio測(ce)序平臺的技術原(yuan)理？
利用 PacBio RS II/Sequel 進行全長(chang)(chang)轉錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)(xu)，平臺包含 16 個(ge)測(ce)序(xu)(xu)模塊（SMRT cell），每個(ge) SMRT cell 包含 15 萬(wan)/100萬(wan)個(ge)測(ce)序(xu)(xu)單元(yuan)（零模波導(dao)孔(kong)，ZMWs）。需(xu)要(yao)將(jiang) mRNA 進行反(fan)轉錄(lu)并進行環(huan)化(hua)處理，形成 CCS，每個(ge) ZMW（零模波導(dao)孔(kong)）將(jiang)容納 1 個(ge) CCS 分子。由于全長(chang)(chang)轉錄(lu)組(zu)測(ce)序(xu)(xu)對 mRNA 不進行打斷，直接進行上機測(ce)序(xu)(xu)，而每個(ge) CCS 的(de)片(pian)段長(chang)(chang)度不同，較小(xiao)的(de) CCS 會先(xian)落入 ZMWs 中，而導(dao)致長(chang)(chang)片(pian)段很(hen)難測(ce)到。因(yin)此，在文庫構(gou)建時，需(xu)要(yao)將(jiang) mRNA 根(gen)據長(chang)(chang)度分成不同的(de)段，分別構(gou)建文庫和(he)測(ce)序(xu)(xu)。 ;
2. PacBio測序(xu)平臺測序(xu)方案有什么(me)推薦？
對樣本(ben)進行分段處理，構建不同片段長度的文庫，我(wo)們推(tui)薦每(mei)個(ge)樣本(ben)構建3-6個(ge)文庫。 建議8-15G subreads。
3. 全長轉錄組測序(xu)分析內(nei)容包(bao)括(kuo)哪些？
分析(xi)內容(rong)包(bao)括：轉(zhuan)(zhuan)錄本覆蓋度計算、轉(zhuan)(zhuan)錄本功能注釋、轉(zhuan)(zhuan)錄本GO 分類注釋、轉(zhuan)(zhuan)錄本 eggNOG分類注釋、轉(zhuan)(zhuan)錄本KEGG分類注釋、ORF分析(xi)、可變(bian)剪接(jie)分析(xi)等。
