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科研服務

ATAC-seq

分析(xi)內(nei)容:

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分析結果展示:


Peak Calling

對 Peak 注(zhu)釋分(fen)析結果中 Peak 在所覆蓋的基(ji)因的功能性區域上的分(fen)布進(jin)行統計(ji),并(bing)使(shi)用 ChIPseeker 包將統計(ji)結果繪制(zhi)成每個樣本分(fen)開查看(kan)的餅圖如下(xia):


 

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Peak在(zai)功能(neng)元件上的分(fen)布


 

Peak 鄰近基因GO富集柱狀圖

挑選了Peak鄰近基因顯著富集的GO條(tiao)目中的前20條(tiao)繪制柱狀圖進行(xing)展示:

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Peak 鄰近基因 GO 富集柱(zhu)狀圖(tu)


 

差異Peak鄰近基因Pathway富集柱狀圖和氣泡圖

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差異Peak鄰近基因Pathway富集氣泡圖(tu)


GO網絡圖分析

做完Pathway富(fu)集(ji)(ji)分(fen)(fen)析后,可能(neng)會(hui)得到幾百甚至幾千個富(fu)集(ji)(ji)到的(de)(de)Pathway條(tiao)目(mu)(mu), 為了有(you)效的(de)(de)利(li)用(yong)富(fu)集(ji)(ji)分(fen)(fen)析的(de)(de)結果,可以通過條(tiao)目(mu)(mu)之間的(de)(de)關系找到處于(yu)更(geng)關鍵位置(zhi)的(de)(de)Pathway條(tiao)目(mu)(mu):

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GO網絡圖