分析項目 | 類別 | 分析(xi) | 備注 |
原始數(shu)據(ju)整(zheng)理、過濾及質量(liang)評估 | A | √ | |
參考基(ji)因(yin)組注釋(shi)整理(li)與統計(ji) | A | √ | |
與參考基因組(zu)比對 | A | √ | |
Peak Calling | A | √ | |
Peak相關基(ji)因GO注釋 | A | √ | |
Peak相關基因KEGG注釋 | A | √ | |
樣品間差異(yi)Peak分析 | A | √ | 樣品數 > 1 |
差異Peak相關基因GO富集分析 | A | √ | 樣(yang)品(pin)數 > 1 |
差異Peak相關(guan)基因(yin)KEGG通路富(fu)集(ji)分(fen)析(xi) | A | √ | 樣(yang)品數(shu)＞1 |
Motif分析 | A | √ |
Peak Calling
Peak 的長度與(yu)蛋白質(zhi)結合區(qu)域大小緊密相(xiang)關，是非(fei)常重(zhong)要的信息。Peak 在外(wai)顯子、內含(han)子、5’ UTR、3’ UTR、基因間區(qu)等區(qu)域上的分(fen)布情(qing)況如下：
Peak在功能元件上的分布(bu)
Peak相關(guan)基因(yin)GO注釋
將 GO 注(zhu)釋結果對應到(dao) GOTerm 上，并統(tong)計(ji)第(di)二級分類上注(zhu)釋到(dao)目標(biao)基因的(de)數目
GO注釋圖
差異Peak相關基因(yin)KEGG富集(ji)分析
統計各個KEGG Pathway 不同層(ceng)級(ji)上(shang)包(bao)含的差異表(biao)達基(ji)因(yin)數目，進而(er)確定差異表(biao)達基(ji)因(yin)主要(yao)參(can)與的代謝途徑(jing)和(he)信號通路。
KEGG富集分析
Motif分析
Motif是一些(xie)有特征的(de)短序(xu)列(lie)，在基因組(zu)上常(chang)常(chang)反(fan)復出現，經常(chang)是一些(xie)具(ju)有序(xu)列(lie)特異性的(de)蛋白的(de)結合位點（如(ru)轉(zhuan)(zhuan)錄因子），或(huo)者是涉及到一些(xie)重要(yao)的(de)生物過(guo)程(cheng)（如(ru)轉(zhuan)(zhuan)錄起始，轉(zhuan)(zhuan)錄終止， RNA 剪切等(deng)等(deng)）。
motif示意(yi)圖
