MeRIP-seq 技術主要用于(yu)mRNA 甲基(ji)化檢測(ce)(ce)，其測(ce)(ce)序數據處(chu)(chu)理(li)主要包括(kuo)讀段(duan)定位、峰(feng)檢測(ce)(ce)(peak calling)、差異甲基(ji)化檢測(ce)(ce)及剪接(jie)異構體層次(ci)的相關處(chu)(chu)理(li)。
我們對搜索到的Peaks進行(xing)基本(ben)信息統計，包括長度分布，及(ji)Peaks上(shang)的序列覆蓋度等。
Peaks基(ji)本信息統計
Sample | Peak_Count | Peak_Sum_Length | Peak_Mean_Length | Tag_Sum_Count | Tag_Mean_Count |
A | 12,930 | 10,217,922 | 790.25 | 2,577,108 | 199.31 |
B | 18,872 | 13,640,326 | 722.78 | 2,247,582 | 119.1 |
C | 33,167 | 18,743,472 | 565.12 | 3,516,895 | 106.04 |
注：Sample：樣(yang)本(ben)名稱。
Peak_Count：搜索(suo)到(dao)的Peaks數量。
Peak_Sum_Length：Peaks總長度。
Peak_Mean_Length：Peak平(ping)均長度(du)。
Tag_Sum_Count，Tag_Mean_Count：支(zhi)持Peak的Tags總數(shu)和平均數(shu)。
我們對得到(dao)的Peak進行長(chang)度(du)分布統(tong)計(ji)，結果見下圖。
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Peaks的長(chang)度分布直方圖
注：橫坐標(biao)為(wei)Peaks長(chang)(chang)度，縱坐標(biao)為(wei)對應(ying)長(chang)(chang)度區間的(de)Peaks個數(shu)。
我們根據支持(chi)每個Peaks的Tags數，對(dui)其進行覆蓋度分析，結(jie)果見下圖(tu)。
Peaks覆蓋深度度的直(zhi)方分布圖
注(zhu)：橫坐標為Peak的覆蓋深度（Tags數量），縱坐標為對(dui)應覆蓋深度的Peaks數量。
為了直觀(guan)的(de)(de)(de)展示m6A修(xiu)(xiu)飾(shi)位點(dian)在各染色體(ti)(ti)上的(de)(de)(de)具體(ti)(ti)分布情(qing)(qing)況，我(wo)們用圖形展示m6A甲基(ji)化(hua)位點(dian)在染色體(ti)(ti)上的(de)(de)(de)分布，如下圖，可直觀(guan)的(de)(de)(de)看到m6A修(xiu)(xiu)飾(shi)在各染色體(ti)(ti)上的(de)(de)(de)密度稀(xi)疏情(qing)(qing)況，整體(ti)(ti)的(de)(de)(de)展示多組樣品之間m6A甲基(ji)化(hua)修(xiu)(xiu)飾(shi)的(de)(de)(de)異同。
Peaks位點在基因組序列上的分布
注：最外圈為染色體，第二圈為正負鏈上的mRNA，第三圈為正負鏈上的其他RNA，往內依次為樣本A,B,C的Peak分布區域，縱坐標為支持Peak的Tags。
