MeRIP-seq 技術主要用(yong)于(yu)mRNA 甲基化檢測(ce)，其測(ce)序數(shu)據處理主要包括(kuo)讀(du)段定位(wei)、峰檢測(ce)(peak calling)、差(cha)異甲基化檢測(ce)及剪接異構體層次的相關處理。
我們對搜(sou)索到的Peaks進行基本信息統計，包(bao)括長度分(fen)布，及Peaks上的序列覆(fu)蓋度等。
Peaks基本信息統(tong)計
Sample | Peak_Count | Peak_Sum_Length | Peak_Mean_Length | Tag_Sum_Count | Tag_Mean_Count |
A | 12,930 | 10,217,922 | 790.25 | 2,577,108 | 199.31 |
B | 18,872 | 13,640,326 | 722.78 | 2,247,582 | 119.1 |
C | 33,167 | 18,743,472 | 565.12 | 3,516,895 | 106.04 |
注(zhu)：Sample：樣本名(ming)稱(cheng)。
Peak_Count：搜索到的(de)Peaks數量。
Peak_Sum_Length：Peaks總長(chang)度。
Peak_Mean_Length：Peak平均長度。
Tag_Sum_Count，Tag_Mean_Count：支持Peak的Tags總數(shu)(shu)和平均數(shu)(shu)。
我們對(dui)得(de)到的Peak進(jin)行長度分布統計，結果見下圖。
Peaks的長(chang)度(du)分(fen)布(bu)直方圖
注：橫坐標為Peaks長度，縱坐標為對應(ying)長度區間的Peaks個數(shu)。
我們根據支持每個(ge)Peaks的Tags數，對(dui)其進行覆蓋度分析，結果見下(xia)圖。
Peaks覆蓋深度(du)度(du)的直方(fang)分(fen)布圖(tu)
注：橫坐標(biao)(biao)為(wei)(wei)Peak的覆(fu)蓋深度（Tags數量），縱坐標(biao)(biao)為(wei)(wei)對應(ying)覆(fu)蓋深度的Peaks數量。
為了(le)直(zhi)觀的(de)展示(shi)m6A修飾(shi)位(wei)點在各染色(se)(se)體(ti)上(shang)的(de)具(ju)體(ti)分布情(qing)況，我們用圖形展示(shi)m6A甲基化位(wei)點在染色(se)(se)體(ti)上(shang)的(de)分布，如下圖，可直(zhi)觀的(de)看到m6A修飾(shi)在各染色(se)(se)體(ti)上(shang)的(de)密(mi)度稀疏情(qing)況，整(zheng)體(ti)的(de)展示(shi)多組樣品之間m6A甲基化修飾(shi)的(de)異同。
Peaks位(wei)點在(zai)基(ji)因組序列上(shang)的分布
注：最外圈為染色體，第二圈為正負鏈上的mRNA，第三圈為正負鏈上的其他RNA，往內依次為樣本A,B,C的Peak分布區域，縱坐標為支持Peak的Tags。
