1. PacBio測序平臺的技(ji)術原理？
利(li)用 PacBio RS II/Sequel 進行全長(chang)轉(zhuan)錄組測(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)，平臺包(bao)(bao)含 16 個測(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)模塊（SMRT cell），每(mei)(mei)個 SMRT cell 包(bao)(bao)含 15 萬(wan)/100萬(wan)個測(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)單元（零(ling)模波(bo)導孔，ZMWs）。需要(yao)將(jiang)(jiang) mRNA 進行反轉(zhuan)錄并進行環化處理，形成 CCS，每(mei)(mei)個 ZMW（零(ling)模波(bo)導孔）將(jiang)(jiang)容納 1 個 CCS 分(fen)子。由于全長(chang)轉(zhuan)錄組測(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)對 mRNA 不進行打斷，直接進行上(shang)機測(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)，而每(mei)(mei)個 CCS 的片段(duan)長(chang)度不同，較小的 CCS 會先落(luo)入 ZMWs 中，而導致長(chang)片段(duan)很難測(ce)(ce)到。因此，在文庫構(gou)建時，需要(yao)將(jiang)(jiang) mRNA 根據長(chang)度分(fen)成不同的段(duan)，分(fen)別構(gou)建文庫和(he)測(ce)(ce)序(xu)(xu)(xu)。
2. PacBio測(ce)序(xu)平臺測(ce)序(xu)方案有什么推薦？
對樣本進行分段處(chu)理，構建不同片段長度的(de)文(wen)庫(ku)，我們推(tui)薦(jian)每個(ge)樣本構建3-6個(ge)文(wen)庫(ku)。 建議(yi)8-15G subreads。
3. 全長轉(zhuan)錄組測序分析(xi)內容包括哪(na)些(xie)？
分(fen)析內容(rong)包括：轉錄(lu)本覆蓋度計算、轉錄(lu)本功能注(zhu)釋、轉錄(lu)本GO 分(fen)類(lei)注(zhu)釋、轉錄(lu)本 eggNOG分(fen)類(lei)注(zhu)釋、轉錄(lu)本KEGG分(fen)類(lei)注(zhu)釋、ORF分(fen)析、可(ke)變剪接分(fen)析等。
